Nel periodo paloeoveneto esisteva già la l’attuale statale del Santo (la Via Aurelia per i Romani), importante via commerciale per i veneti, ma non esistono specifiche testimonianze di insediamenti a Villanova; sono state rinvenute tracce di stanziamenti a Peraga, lungo il Tergola.

La storia di Villanova comincia in epoca romana con la centuriatione dell’Agro Padovano la cui fondazione si fa risalire a Ottaviano; si estendeva dal Muson Vecchio fino al Brenta, dalle sorgenti del Tertgola, Orcone e Vandura fino al di là di Mirano.

Il graticolato conserva la struttura viaria originale, segnata da quadrati di m. 710, 40 per lato. E’ una rete di strade che si incrociano ad angolo retto, disposte secondo i punti cardinali. Le strade disposte  da settentrione a mezzogiorno erano dette cardini, mentre quelle disposte da oriente a ponente erano dette decumani. Molte strade di Villanova mantengono ancor oggi il tracciato romano.

All’inizio dell’epoca medievale, iniziarono nel territorio padovano ad apparire i primi insediamenti raggruppati intorno alle chiese principali, dette Pievi; nel territorio di Villanova venne fondata la Pieve di San Prosdocimo oltre Brenta, che alcuni studiosi ritengono edificata prima dell'arrivo dei Longobardi, nel 568. La pieve è citata nel 1297 nel pontificio Rationem decimarum Italiae, dal quale si apprende che da essa dipendono le cappelle, poi diventate parrocchie, di Sant'Andrea di Codiverno, della SS. Trinità di Codiverno, di San Daniele di Reschigliano, di Santa Maria di Murelle, di Sant'Ambrogio di Pionca e di San Giacomo di Caselle. Di questa antica Pieve resta solo il ricordo nella vecchia parrocchiale di Villanova.

Notizie precise del primo centro abitato di Villanova risalgono al Medioevo, quando, a partire dal 1109, la contessa Matilde di Canossa restituisce al vescovo di Ferrara dei beni situati nel padovano, tra i quali, alcuni a Villanova. Oltre mezzo secolo più tardi, nel 1173, si nomina ancora Villanova, quando gli Alvarotti, antica e nobile famiglia padovana, acquista la signoria del luogo da Cunizza, moglie del conte padovano Giacomo Manfredini. Non si ha memoria del luogo dove stava fortezza di Villanova, che eradistinta dalla pieve e che era al centro di un altro centro abitato.

Ricordiamo alcuni personaggi di spicco dell’epoca medioevale.

Speronella, nobile e ricca feudataria del vescovo di Padova e proprietaria di ampio territorio tra il Brenta ed il Musone, per redimere la sua vita dissoluta e avventurosa, nel 1192 beneficò monasteri, ospedali e chiese, fra le quali la Pieve di S. Prosdocimo oltre Brenta e la chiesa di Murelle.

Più tardi, Guglielmo II, appartenente alla famiglia dei Da Camposampiero, venne in possesso di terre nel territorio di Villanova. Valoroso uomo d'arme, fu sepolto nella chiesa di S. Prospdocimo: sul pavimento stava una pietra sepolcrale bianca con l’iscrizione “Hic iacet nobilis miles Gulielmus - de Campisamperio, anno MCCCLXXIV”.

A S. Gualberto (o Alberto) fu intitolata la chiesetta di Mussolini, una chiesa campestre appartenente al Comun di Mussolini. Il piccolo agglomerato pertanto appariva organizzato in autonomia, almeno per quanto riguardava la gestione del suo oratorio.

La Pieve di S. Prosdocimo accoglie infine S. Engulfo sull'altare a lui consacrato, il cui culto è durato a lungo.

Dal 1405, quando la Repubblica di Venezia prese ad estendere il suo dominio sulla terraferma, il territorio attuale di Villanova venne diviso in due ville: Villanova con la Pieve di S. Prosdocimo e Murelle, ognuna organizzata intorno alla propria chiesa.

A sua volta queste vennero divise in Comuni da loro dipendenti. Dal Cattasticho et perticazione della Quinta Presa, scritto nel 1686 da Paulo Rossi, si apprende che dalla villa di Villa Nova dipendevano quattro Comuni, Villa Nova, Pieve di S. Prosdocimo, Comune di Mussolini e il Comune di Puotti, mentre dalla villa di Murelle dipendevano il Comune di Murelle e il Comune di Caltana di Murelle.

Ogni Comune durante il periodo veneziano aveva un suo capo, chiamato Degan o Meriga, che aveva il compito di provvedere ai vari bisogni della piccola comunità e rappresentarla.

Dalla metà del secolo XVII si stabilisce a Villanova di Camposampiero la famiglia patrizia veneziana dei Ruzini, che nel territorio possedevano estese proprietà e la casa di villeggiatura, ora sede municipale. Questa nobile famiglia, che annovera illustri discendendi, toccò il culmine dell'onore quando nel 1732 Carlo Ruzini venne eletto Doge di Venezia.

Con la promulgazione del codice napoleonico, nel 1806, cambiarono le istituzioni politiche. 
Il Comune (nel senso moderno del termine) di Villanova di Camposampiero nasce il 28 settembre 1810 quando Eugenio Napoleone di Francia, Vicerè d’Italia, Principe di Venezia crea un nuovo assetto territoriale nel padovano e istituiosce, insieme ad altri comuni, quello di Villanova, che comprendeva la Pieve di San Prosdocimo e le frazioni denominate Puotti, Mussolini, Murelle, Fiumicello, Caltana di Murelle, Pionca, Codiverno Santissima Trinità e Codivernarolo.

L'Austria, quando tornò in possesso del Veneto e della Lombardia, mantenne la struttura amministrativa impostata dai francesi. Alla fine della terza guerra per l'Indipendenza italiana, nel 1866 la popolazione del Comune di Villanova aderì plebiscitariamente al Regno d'Italia di Vittorio Emanuele II e con decreto del Re Vittorio Emanuele II in data 11 Agosto 1867 il nostro comune, per evitare omonimie, fu poi denominato “Villanova di Camposampiero” a seguito del decreto di Vittorio Emanuele II Re d'Italia dell'11 agosto 1867.